生物包装

子包

子模块

模块内容

Python中用于处理生物数据的模块集合。

Biopython项目是一个由免费提供的计算分子生物学Python工具开发人员组成的国际协会。

https://biopython.org

exception Bio.MissingExternalDependencyError

基类：Exception

缺少外部依赖。

用于丢失命令行工具等情况。对于我们的单元测试来说，允许跳过缺少外部依赖项的测试很重要。

__firstlineno__ = 21
__static_attributes__ = ()
exception Bio.MissingPythonDependencyError

基类：MissingExternalDependencyError, ImportError

缺少外部Python依赖项（ImportHelp的子集）。

用于丢失的Python模块（而不仅仅是典型的Import错误）。对于我们的单元测试来说，允许跳过缺少外部Python依赖项的测试，同时允许将异常捕获为Import错误，这很重要。

__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 29
__static_attributes__ = ()
exception Bio.StreamModeError

基类：ValueError

流模式不正确（文本与二进制）。

当流（文件或类似文件的对象）参数处于文本模式而接收函数期望二进制模式时，应该引发此错误，反之亦然。

__firstlineno__ = 39
__static_attributes__ = ()
exception Bio.BiopythonWarning

基类：Warning

生物马拉松警告。

Biopython应该使用此警告（或其子集），以便在您希望的情况下轻松静音我们所有的警告消息：

>>> import warnings
>>> from Bio import BiopythonWarning
>>> warnings.simplefilter('ignore', BiopythonWarning)

有关更多详细信息，请参阅警告模块文档。

__firstlineno__ = 48
__static_attributes__ = ()
exception Bio.BiopythonParserWarning

基类：BiopythonWarning

Biopython解析器警告。

某些无效的数据文件无法解析，并将触发异常。如果合理的解释是可能的，Biopython将发出此警告，以指出潜在的问题。要静音这些警告，请用途：

>>> import warnings
>>> from Bio import BiopythonParserWarning
>>> warnings.simplefilter('ignore', BiopythonParserWarning)

有关更多详细信息，请参阅警告模块文档。

__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 62
__static_attributes__ = ()
exception Bio.BiopythonDeprecationWarning

基类：BiopythonWarning

Biopython弃用警告。

Biopython使用此警告而不是内置的DeprecationWarning，因为自Python 2.7以来，默认情况下这些警告被忽略。

要使所有弃用警告消息静音，请用途：

>>> import warnings
>>> from Bio import BiopythonDeprecationWarning
>>> warnings.simplefilter('ignore', BiopythonDeprecationWarning)

标记为废弃的代码可能会在Biopython的未来版本中删除。为了避免删除此代码，请通过邮件列表或GitHub联系Biopython开发人员。

__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 77
__static_attributes__ = ()
exception Bio.BiopythonExperimentalWarning

基类：BiopythonWarning

Biopython实验代码警告。

Biopython对实验代码（“Alpha”或“Beta”级代码）使用此警告，这些代码作为标准版本的一部分发布，以标记子模块或功能，供早期采用者测试和提供反馈。

发出此警告的代码可能会在Biopython的后续版本中更改（甚至被删除）。此类代码不应用于生产/稳定代码。仅应在以下情况下使用：

  • 您正在运行最新版本的Biopython，或者理想情况下是我们存储库中的最新代码。

  • 您已订阅biopython-dev邮件列表，以提供有关此代码的反馈，并收到有关其更改的警报。

如果一切顺利，实验代码将在后续版本中升级为稳定版本，并且此警告将从其中删除。

__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 95
__static_attributes__ = ()