Bio.Align.紫红色模块

Bio。调整Mauve/ProgressiveMauve对“xmfa”输出的支持。

您需要通过Bio.Align功能使用此模块。

class Bio.Align.mauve.AlignmentWriter(target, metadata=None, identifiers=None)

基类：AlignmentWriter

Mauve xmfa对齐作家。

fmt: str | None = 'Mauve'

__init__(target, metadata=None, identifiers=None)

创建AlignmentWriter对象。

论点：

• 目标 - 输出流或文件名

• 元数据 - 要包含在输出中的元数据。如果元数据

  为无，那么要写入的对齐对象必须具有属性 metadata .

• 标识符-包含在

  对齐。序列将根据其在此列表中的索引进行编号。如果标识符为无，则要写入的路线对象必须具有属性 identifiers .

write_header(stream, alignments)

将文件头写入输出文件。

write_file(stream, alignments)

写一个文件与路线，并返回路线的数量。

对齐-Bio.Align.紫红色.AlignmentIterator对象。

format_alignment(alignment)

以Mauve格式返回具有单一对齐方式的字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 18

__static_attributes__ = ('_identifiers', '_metadata')

class Bio.Align.mauve.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

Mauve xmfa对齐迭代器。

fmt: str | None = 'Mauve'

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 138

__static_attributes__ = ('_line', 'identifiers', 'metadata')