Bio. Gen包

子模块

模块内容

用于处理SEN格式文件的代码。

现在鼓励您不要使用Bio. Gene Bank，而是使用具有“genbank”或“embl”格式名称的Bio.SeqIO来将SEN或EmbL文件解析为SeqRecord和SeqPerformance对象（请参阅Biopython教程了解详细信息）。

只有在您想要获取特定于SBA的Record对象时，才能直接使用Bio. ESB来解析ESB文件，该对象比DeliverureParser中的SeqRecord替代品（用于Bio.SeqIO）更接近原始文件内容。

要使用Bio. ESB解析器，有两个助手函数：

  • 读 将包含单个ESB记录的手柄解析为Bio. ESB特定的Record对象。

  • 解析 迭代包含多个ESB记录的手柄作为Bio. ESB特定的Record对象。

以下内部类不打算直接使用，并且可能会在未来的版本中弃用。

职业：

  • 迭代器 迭代通过基因库条目文件

  • 格式解析器 解析SeqRecord和SeqPerformance对象中的SEN数据。

  • 记录解析器 将SEN数据解析到Record对象中。

警告：

  • 解析器失败错误 指示解析器失败的异常（即扫描仪或消费者）

class Bio.GenBank.Iterator(handle, parser=None)

基类：object

迭代器接口，用于一次一个地移动一个ESB条目的文件（ObSOSYS）。

这个类很可能在未来的Biopython版本中被弃用。请使用Bio.SeqIO.parse（.，format=“gb”）或Bio.GenBank.parse（.）分别用于SeqRecord和GenBank特定的Record对象。

__init__(handle, parser=None)

初始化迭代器。

论点：

  • handle -包含要卸载的SEN条目的handle。

  • 解析器-一个可选的解析器，用于在返回条目之前传递条目。如果无，则将返回原始条目。

__next__()

从手柄返回下一条SEN记录。

如果记录用完，将返回无。

__iter__()

重复记录。

__firstlineno__ = 65
__static_attributes__ = ('_parser', 'handle')
exception Bio.GenBank.ParserFailureError

基类：ValueError

解析器中的某种问题导致的失败。

__firstlineno__ = 110
__static_attributes__ = ()
class Bio.GenBank.FeatureParser(debug_level=0, use_fuzziness=1, feature_cleaner=None)

基类：object

将ESB文件解析为Seq + Element对象（ObSOSYS）。

不鼓励直接使用此类，并且在Biopython的未来版本中可能会放弃使用此类。

请使用Bio.SeqIO.parse（.）或Bio.SeqIO.read（.）而不是.

__init__(debug_level=0, use_fuzziness=1, feature_cleaner=None)

初始化ESB解析器和功能消费者。

论点：

  • dev_level -一个可选参数，它对解析器应该吐出的调试信息量进行分类。默认情况下，我们没有调试信息（最快的做事方式），但如果您愿意，您可以将其设置为2并确切查看解析失败的地方。

  • use_fuguela-指定是否使用模糊表示。默认为1（使用模糊）。

  • feature_cleaner -一个用于清除要素值的类。此类必须实现函数clean_Value。genBank.utils有一个“标准”清洁器类，默认情况下使用该类。

parse(handle)

解析指定的手柄。

__firstlineno__ = 117
__static_attributes__ = ('_cleaner', '_scanner', 'use_fuzziness')
class Bio.GenBank.RecordParser(debug_level=0)

基类：object

将SEN文件解析为Record对象（ObSOSYS）。

不鼓励直接使用此类，并且在Biopython的未来版本中可能会放弃使用此类。

请使用Bio. Gene.parse（.）或Bio.GenBank.read（.）相反，功能。

__init__(debug_level=0)

初始化解析器。

论点：

  • dev_level -一个可选参数，它对解析器应该吐出的调试信息量进行分类。默认情况下，我们没有调试信息（最快的做事方式），但如果您愿意，您可以将其设置为2并确切查看解析失败的地方。

parse(handle)

将指定的手柄解析到ESB记录中。

__firstlineno__ = 156
__static_attributes__ = ('_scanner',)
Bio.GenBank.parse(handle)

将SEN格式的条目迭代为Record对象。

>>> from Bio import GenBank
>>> with open("GenBank/NC_000932.gb") as handle:
...     for record in GenBank.parse(handle):
...         print(record.accession)
['NC_000932']

要获取SeqRecord对象，请使用Bio.SeqIO.parse（.，格式=“GB”）。

Bio.GenBank.read(handle)

将包含单个SEN条目的handle读取为Record对象。

>>> from Bio import GenBank
>>> with open("GenBank/NC_000932.gb") as handle:
...     record = GenBank.read(handle)
...     print(record.accession)
['NC_000932']

要获取SeqRecord对象，请使用Bio.SeqIO.read（.，格式=“GB”）。