Bio. DBC.dsSP模块

使用DS SP程序计算二级结构和可及性。

您需要拥有一个工作版本的DS SP（以及免费供学术使用的许可证）才能使用它。有关dsp，请访问https://swift.cmbi.umcn.nl/gv/dssp/。

可以使用以下可达表面积（ASA）值，默认为Sander和Rost值：

Ahmad
艾哈迈德等人2003 https://doi.org/10.1002/prot.10328

米勒
Miller等人. 1987 https：//doi.org/10.1016/0022-2836（87）90038-6

Sander
Sander和Rost 1994 https://doi.org/10.1002/prot.340200303

Wilke
Tien等人2013 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0080635

此处使用的二级结构的DS SP代码是：

代码

结构

H

阿尔法螺旋（4-12）

B

分离的β桥残基

E

链

G

3-10螺旋

I

圆周率螺旋

T

反过来

S

弯曲

-

没有一

使用

DTSP类可用于在TSB或mminf文件上运行DTSP，并提供DTSP二级结构和可访问性的处理。

Note 该DS SP只能处理一个模型，并且只对提供的TSB文件中的第一个模型运行计算。

示例

典型用途：：

from Bio.PDB import PDBParser
from Bio.PDB.DSSP import DSSP
p = PDBParser()
structure = p.get_structure("1MOT", "/local-pdb/1mot.pdb")
model = structure[0]
dssp = DSSP(model, "/local-pdb/1mot.pdb")

请注意，DTSP-2包中最新的DTSP可执行文件已从 dssp 到 mkdssp .如果使用最新的DSSP版本，您可能需要提供DSSP可执行文件的名称：

dssp = DSSP(model, '/local-pdb/1mot.pdb', dssp='mkdssp')

DTSP数据由一个tuple访问-（链id，residue id）：：

a_key = list(dssp.keys())[2]
dssp[a_key]

为单个残基返回的dsp数据是形式如下的多元组：

元组索引

值

0

dsp指数

1

氨基酸

2

二级结构

3

相对ASA

4

Phi

5

Psi

6

NH-->O_1_relidx

7

NH--> O_1_能源

8

O-->NH_1_relidx

9

O-->NH_1_energy

10

NH-->O_2_relidx

11

NH--> O_2_能源

12

O-->NH_2_relidx

13

O-->NH_2_energy

Bio.PDB.DSSP.version(version_string): 解析语义版本方案以易于比较。

Bio.PDB.DSSP.ss_to_index(ss)

要索引的二级结构符号。

H=0 E=1 C=2

Bio.PDB.DSSP.dssp_dict_from_pdb_file(in_file, DSSP='dssp', dssp_version='3.9.9')

从DBC文件创建dsSP词典。

参数:

in_file字符串: pdb文件
DSSP字符串: DTSP可执行文件（子进程的参数）
dssp_version字符串: DS SP可执行文件的版本

返回:

(out_dict, keys)元组: 将（chainid、resid）映射到氨基酸类型、二级结构代码和可及性的词典。

示例

如何使用dsp_dict_from_pdb_file：：

from Bio.PDB.DSSP import dssp_dict_from_pdb_file
dssp_tuple = dssp_dict_from_pdb_file("/local-pdb/1fat.pdb")
dssp_dict = dssp_tuple[0]
print(dssp_dict['A',(' ', 1, ' ')])

Bio.PDB.DSSP.make_dssp_dict(filename)

将标识符映射到属性的DTSP字典。

从DTSP文件返回将（chainid，resid）映射到aa、ss和accessibility的DTSP字典。

参数:

filename字符串: dsp输出文件

class Bio.PDB.DSSP.DSSP(model, in_file, dssp='dssp', acc_array='Sander', file_type='')

基类：AbstractResiduePropertyMap

运行DS SP并解析二级结构和可访问性。

在PDB/mmCIF文件上运行DSSP，并提供DSSP二级结构和可访问性的句柄。

Note 该DS SP只能处理一种型号。

示例

如何使用DS SP：：

from Bio.PDB import PDBParser
from Bio.PDB.DSSP import DSSP
p = PDBParser()
structure = p.get_structure("1MOT", "/local-pdb/1mot.pdb")
model = structure[0]
dssp = DSSP(model, "/local-pdb/1mot.pdb")
# DSSP data is accessed by a tuple (chain_id, res_id)
a_key = list(dssp.keys())[2]
# (dssp index, amino acid, secondary structure, relative ASA, phi, psi,
# NH_O_1_relidx, NH_O_1_energy, O_NH_1_relidx, O_NH_1_energy,
# NH_O_2_relidx, NH_O_2_energy, O_NH_2_relidx, O_NH_2_energy)
dssp[a_key]

__init__(model, in_file, dssp='dssp', acc_array='Sander', file_type='')

创建一个RSSP对象。

参数:

model模型: 结构的第一个模型
in_file字符串: DBC文件或DTSP文件。
dssp字符串: dsp可执行文件（即。子处理的参数）
acc_array字符串: 可接触表面积（ASA）来自Miller等人（1987）、Sander & Rost（1994）、Wilke：Tien等人（2013）或Ahmad等人（2003），作为字符串Sander/Wilke/Miller/Ahmad。向桑德致敬。
file_type: string: 文件类型切换：DBC、MMCIF或DS SP。默认情况下从文件扩展名推断。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 319

__static_attributes__ = ('residue_max_acc',)