Bio.ExPasy.Prosite模块

ExPAS上Prosite的prosite数据文件的解析器。

请参阅https://www.expasy.org/prosite/

测试对象：

• 发布20.43，2009年2月10日

• 2017年3月15日发布2017_03。

功能：

• 读 读取包含一条Prosite记录的Prosite文件

• 解析 迭代Prosite文件中的记录。

职业：

• 记录 保存Prosite数据。

Bio.ExPASy.Prosite.parse(handle)

解析Prosite记录。

该功能用于解析包含多条记录的Prosite文件。

论点：

• 手柄 - 文件的处理。

Bio.ExPASy.Prosite.read(handle)

阅读一份Prosite记录。

该功能用于解析恰好包含一条记录的Prosite文件。

论点：

• 手柄 - 文件的处理。

class Bio.ExPASy.Prosite.Record

基类：object

保存Prosite记录中的信息。

主要属性：

• 名称 记录的ID。 例如：ADE_ZREC

• 类型 条目类型。 例如：模式、矩阵或规则

• 加入 例如PS00387

• 创建 条目的创建日期。 （2017年1月之前发布的MMM-YY，2017年1月以来DD-MMM-YY）

• 数据更新 上次更新“主要”数据的日期。

• 信息_更新 上次更新“主要”数据以外的日期数据。

• pdoc Prosite文档的ID。

• 描述 自由格式描述。

• 图案 Prosite模式。 参见文档。

• 矩阵 描述矩阵条目的字符串列表。

• 规则 规则定义列表（来自RU行）。 （字符串）

• 小插曲 Proorules列表（来自公关热线）。（字符串）

数字结果：

• nr_p_release SwissProt release。

• nr_p_seqs Swiss-Prot该版本中的seq数量。（int）

• 总数 Swiss-Prot中的点击次数。 （点击数、序列）的多元组

• nr_positive 真正的积极因素。 （点击数、序列）的多元组

• nr_未知 可能是积极的。 （点击数、序列）的多元组

• nr_假_pos 假阳性。 （点击数、序列）的多元组

• nr_假_阴性 假阴性。 （int）

• nr_部分 假阴性，因为它们是片段。（int）

评论：

• cc_taxo_Range分类范围。 格式请参阅文档

• cc_max_repeat蛋白质中的最大重复次数

• cc_site 有趣的地方。 元组列表（模式位置，描述）

• cc_skip_tag 可以忽略此条目吗？

• cc_matrix_type

• cc_scaling_db

• cc_author

• cc_ft_key

• cc_ft_desc

• cc_版本 版本号（在19.0版中引入）

以下是所有if tuple列表（瑞士保护加入，瑞士保护名称）。

数据库参考：

• dr_positive

• dr_false_neg

• dr_false_pos

• Dr_potential 潜在命中，但指纹区域尚未可用。

• Dr_未知 可能属于

• PDB_structs PDB条目列表。

__init__()

初始化课程。

__firstlineno__ = 61

__static_attributes__ = ('accession', 'cc_max_repeat', 'cc_site', 'cc_skip_flag', 'cc_taxo_range', 'created', 'data_update', 'description', 'dr_false_neg', 'dr_false_pos', 'dr_positive', 'dr_potential', 'dr_unknown', 'info_update', 'matrix', 'name', 'nr_false_neg', 'nr_false_pos', 'nr_partial', 'nr_positive', 'nr_sp_release', 'nr_sp_seqs', 'nr_total', 'nr_unknown', 'pattern', 'pdb_structs', 'pdoc', 'postprocessing', 'prorules', 'rules', 'type')