Bio.UniProt.GOA模块

UniProt-GOA的GAF、GMA和GPI格式的解析器。

Uniprot-GOA READTE + GAF格式描述：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/UNIPROT/README

基因协会文件，GAF格式：http://geneontology.org/docs/go-annotation-file-gaf-format-2.2/ http://geneontology.org/docs/go-annotation-file-gaf-format-2.1/ http://geneontology.org/docs/go-annotation-file-gaf-format-2.0/

基因产品协会数据（CPA格式）REAUTE：http://geneontology.org/docs/gene-product-association-data-gpad-format/

基因产品信息（GPI格式）REAUTE：http://geneontology.org/docs/gene-product-information-gpi-format/

Go注释文件位于此处：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/

Bio.UniProt.GOA.gpi_iterator(handle)

读取GPI格式文件。

应调用此函数来读取GP_info.goa_uniprot文件。目前，只有一种格式，但这种格式可能会改变，因此该函数是未来包装的占位符。

Bio.UniProt.GOA.gpa_iterator(handle)

读取GMA格式文件。

应调用此函数来读取gene_association.goa_uniprot文件。读取第一条记录并根据需要返回gpa 1.1或gpa 1.0迭代器

Bio.UniProt.GOA.gafbyproteiniterator(handle)

迭代基因关联文件中的记录。

返回具有相同DB_Body_ID的所有连续记录的列表应调用此函数来读取gene_association.goa_uniprot文件。读取第一条记录并根据需要返回gaf 2.0或gaf 1.0迭代器2016-04-09：添加了GAF 2.1迭代器并修复了迭代器分配中的错误同时GAF 2.1使用GAF 2.0迭代器

Bio.UniProt.GOA.gafiterator(handle)

迭代GAF 1.0或2.x文件。

应调用此函数来读取gene_association.goa_uniprot文件。读取第一条记录并根据需要返回gaf 2.x或gaf 1.0迭代器

示例：打开、读取、交互和过滤结果。

原始数据文件已修剪到约600行。

原文来源ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/YEAST/goa_yeast.gaf.gz

>>> from Bio.UniProt.GOA import gafiterator, record_has
>>> Evidence = {'Evidence': set(['ND'])}
>>> Synonym = {'Synonym': set(['YA19A_YEAST', 'YAL019W-A'])}
>>> Taxon_ID = {'Taxon_ID': set(['taxon:559292'])}
>>> with open('UniProt/goa_yeast.gaf', 'r') as handle:
...     for rec in gafiterator(handle):
...         if record_has(rec, Taxon_ID) and record_has(rec, Evidence) and record_has(rec, Synonym):
...             for key in ('DB_Object_Name', 'Evidence', 'Synonym', 'Taxon_ID'):
...                 print(rec[key])
...
Putative uncharacterized protein YAL019W-A
ND
['YA19A_YEAST', 'YAL019W-A']
['taxon:559292']
Putative uncharacterized protein YAL019W-A
ND
['YA19A_YEAST', 'YAL019W-A']
['taxon:559292']
Putative uncharacterized protein YAL019W-A
ND
['YA19A_YEAST', 'YAL019W-A']
['taxon:559292']

Bio.UniProt.GOA.writerec(outrec, handle, fields=GAF20FIELDS)

将单个UniProt-GOA记录写入输出流。

来电者应该知道格式版本。默认：gaf-2.0如果header有值，则假设这是第一条记录，则写入header。

Bio.UniProt.GOA.writebyproteinrec(outprotrec, handle, fields=GAF20FIELDS)

将GAF记录列表写入输出流。

来电者应该知道格式版本。默认：gaf-2.0如果header有值，则假设这是第一条记录，则写入header。通常，该列表是由fafbyProtinrec读取的列表，其中包含具有相同DB_Body_ID的所有连续行

Bio.UniProt.GOA.record_has(inrec, fieldvals)

接受记录和字段值字典。

The format is {'field_name': set([val1, val2])}. If any field in the record has a matching value, the function returns True. Otherwise, returns False.