Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3/_domtab模块
HMMER域表输出格式的Bio.SearchIO解析器。
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitParser(handle)
基类：
Hmmer3DomtabParser使用命中坐标的HMMER域表解析器。
假定HMM配置文件坐标为命中坐标的HMMER域表格式的解析器。
- hmm_as_hit = True
- __firstlineno__ = 167
- __static_attributes__ = ()
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryParser(handle)
基类：
Hmmer3DomtabParser使用查询坐标的HMMER域表解析器。
HMMER域表格式的解析器，假设DMZ配置文件坐标是查询坐标。
- hmm_as_hit = False
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 177
- __static_attributes__ = ()
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitIndexer(filename, **kwargs)
-
使用命中坐标的HMMER域表索引器。
HMMER域表输出的索引器类，该输出假设MBE配置文件坐标是命中坐标。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 187
- __static_attributes__ = ()
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryIndexer(filename, **kwargs)
-
使用查询坐标的HMMER域表索引器。
HMMER域表输出的索引器类，该输出假设MBE配置文件坐标是查询坐标。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 198
- __static_attributes__ = ()
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitWriter(handle)
基类：
object使用命中坐标的HMMER域表编写器。
hmmer 3-domtab输出格式的编写器，该格式将命中坐标写入为Markov配置文件坐标。
- hmm_as_hit = True
- __init__(handle)
初始化课程。
- write_file(qresults)
写入手柄。
返回一个元组，其中包含写入的QueryResult、Hit和HSP对象的数量。
- __firstlineno__ = 209
- __static_attributes__ = ('handle',)