BIO封装¶

子包¶

Python中用于处理生物数据的模块集合。

Biopython项目是免费提供的Python计算分子生物学工具开发者的国际协会。

exception Bio.MissingExternalDependencyError¶

基类：Exception

缺少外部依赖项。

用于缺少命令行工具等。重要的是，我们的单元测试允许跳过缺少外部依赖项的测试。

exception Bio.MissingPythonDependencyError¶

基类：MissingExternalDependencyError, ImportError

缺少外部Python依赖项(ImportError的子类)。

用于缺少Python模块(而不仅仅是典型的ImportError)。重要的是，我们的单元测试允许跳过缺少外部Python依赖项的测试，同时还允许将异常捕获为ImportError。

exception Bio.StreamModeError¶

基类：ValueError

流模式不正确(文本与二进制)。

当流(文件或类似文件的对象)参数处于文本模式，而接收函数需要二进制模式时，应引发此错误，反之亦然。

exception Bio.BiopythonWarning¶

基类：Warning

Biopython警告。

Biopython应使用此警告(或其子类)，以便您可以轻松地将我们的所有警告消息静音：

>>> import warnings
>>> from Bio import BiopythonWarning
>>> warnings.simplefilter('ignore', BiopythonWarning)

有关更多详细信息，请参阅警告模块文档。

exception Bio.BiopythonParserWarning¶

基类：BiopythonWarning

Biopython解析器警告。

某些无效的数据文件无法解析，将触发异常。在可能进行合理解释的情况下，Biopython将发出此警告以指示潜在问题。要使这些警告静默，请使用：

>>> import warnings
>>> from Bio import BiopythonParserWarning
>>> warnings.simplefilter('ignore', BiopythonParserWarning)

有关更多详细信息，请参阅警告模块文档。

exception Bio.BiopythonDeprecationWarning¶

基类：BiopythonWarning

Biopython弃用警告。

Biopython使用此警告而不是内置的DeproationWarning，因为从Python2.7开始，默认情况下会忽略这些警告。

要禁用所有弃用警告消息，请使用：

>>> import warnings
>>> from Bio import BiopythonDeprecationWarning
>>> warnings.simplefilter('ignore', BiopythonDeprecationWarning)

标记为已弃用的代码可能会在未来版本的Biopython中删除。为避免删除此代码，请通过邮件列表或GitHub联系Biopython开发人员。

exception Bio.BiopythonExperimentalWarning¶

基类：BiopythonWarning

Biopython实验代码警告。

Biopython对作为标准版本一部分发布的实验代码(“alpha”或“beta”级别代码)使用此警告来标记子模块或功能，以供早期采用者测试和提供反馈。

发出此警告的代码可能会在Biopython的后续版本中更改(甚至被删除)。此类代码不应用于生产/稳定代码。只有在以下情况下才应使用它：

如果一切顺利，实验代码将在后续版本中升级为稳定代码，并删除此警告。