BioSQL.加载器模块

将生物Python对象加载到BioSQL数据库中进行持久存储。

该代码使得可以将生物Python对象存储在关系数据库中，然后将它们检索回来。您不应直接使用此模块中的任何类。相反，对数据库对象调用start（）方法。

class BioSQL.Loader.DatabaseLoader(adaptor, dbid, fetch_NCBI_taxonomy=False)

基类：object

用于将SeqRecord对象加载到BioSQL数据库中的对象。

__init__(adaptor, dbid, fetch_NCBI_taxonomy=False)

使用数据库的连接信息初始化。

创建DatabaseLoader对象通常通过BioSeqDatabase DBServer对象处理，例如：

from BioSQL import BioSeqDatabase
server = BioSeqDatabase.open_database(driver="MySQLdb",
                                      user="gbrowse",
                                      passwd="biosql",
                                      host="localhost",
                                      db="test_biosql")
try:
    db = server["test"]
except KeyError:
    db = server.new_database("test",
    description="For testing GBrowse")

load_seqrecord(record)

将Biopython SeqRecord加载到数据库中。

__firstlineno__ = 33

__static_attributes__ = ('adaptor', 'dbid', 'fetch_NCBI_taxonomy')

class BioSQL.Loader.DatabaseRemover(adaptor, dbid)

基类：object

通过完全删除数据库来补充加载器功能。

这对于正常的目的可能没有什么用处，因为你可以只做一个：

DROP DATABASE db_name

然后重新创建数据库。但是，它对于测试目的确实很有用。

__init__(adaptor, dbid)

使用数据库ID和适配器连接初始化。

remove()

删除与给定数据库ID相关的所有内容。

__firstlineno__ = 1238

__static_attributes__ = ('adaptor', 'dbid')