BioSQL.BioSeq模块

在BioSQL之上实现类似Biopython的Seq对象。

这允许使用类似生物Python的SeqRecord和Seq接口检索存储在BioSQL数据库中的项目。

注意：目前我们不支持在BioSQL中记录每个字母的注释（如质量分数）。

class BioSQL.BioSeq.DBSeqRecord(adaptor, primary_id)

基类：SeqRecord

Biopython SeqRecord对象的BioSQL等效物。

__init__(adaptor, primary_id)

创建DBSeqRecord对象。

论点：

• adapter-BioSQL. BioSeqDatab.Adaptor对象

• primary_id -BioSQL使用的内部integer ID

您通常不会自己创建DBSeqRecord对象，这是在使用BioSeqBase对象时为您创建的

property seq

Seq对象

property dbxrefs: list[str]

数据库交叉引用。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 487

__static_attributes__ = ('_adaptor', '_annotations', '_biodatabase_id', '_dbxrefs', '_division', '_features', '_identifier', '_per_letter_annotations', '_primary_id', '_seq', '_taxon_id', 'description', 'id', 'name')

property features

特征

property annotations: dict[str, str | int]

注释。