skbio.stats.distance.DistanceMatrix

class skbio.stats.distance.DistanceMatrix(data, ids=None, validate=True)[源代码]

存储对象之间的距离。

A DistanceMatrix 是一种 DissimilarityMatrix 以及矩阵数据是对称的这一附加要求。还可以使用其他方法来利用这种对称性。

参见

DissimilarityMatrix

备注

距离以冗余(正方形)格式存储 [1]. 为了便于与其他科学Python例程(例如，Scipy)一起使用，可以使用以下命令以精简(矢量形式)格式检索距离 condensed_form 。

DistanceMatrix 只要求它存储的距离是对称的。支票是 not 执行以确保其他三个度量属性(非负性、不可分辨的恒等式和三角不等性)成立 [2]. 因此，一个 DistanceMatrix 实例可以存储非度量值的距离。

引用

属性

T 

相异矩阵的转置。

data 

一系列不同之处。

default_write_format 

dtype 

不同的数据类型。

ids 

对象ID的元组。

png 

在IPython笔记本中以PNG格式显示热图。

shape 

包含相异矩阵维度的双元素元组。

size 

相异矩阵中的元素总数。

svg 

在IPython笔记本中以SVG格式显示热图。

内嵌函数

__contains__(lookup_id)

检查指定的ID是否在相异度矩阵中。

__eq__ (其他)

将此相异矩阵与另一个矩阵进行比较，以求相等。

__ge__(value, /)

返回self>=值。

__getitem__ \(索引)

按对象ID或NumPy索引将不同的数据切片。

__getstate__ \()

泡菜的帮手。

__gt__(value, /)

返回self>值。

__le__(value, /)

返回self<=value。

__lt__(value, /)

返回self<value。

__ne__ (其他)

确定两个相异矩阵是否不相等。

__str__ \()

返回相异矩阵的字符串表示形式。

方法

between(from_, to_[, allow_overlap])

获取两组ID之间的距离

condensed_form \()

以压缩格式返回距离数组。

copy \()

返回相异矩阵的深层副本。

filter(ids[, strict])

根据ID过滤相异度矩阵。

from_iterable(iterable, metric[, key, keys, ...])

从给定度量的迭代数中的所有对创建距离矩阵。

index(lookup_id)

返回指定ID的索引。

permute([condensed])

随机排列矩阵中的行和列。

plot([cmap, title])

创建相异矩阵的热图

read(file[, format])

创建新的 DistanceMatrix 实例。

redundant_form \()

返回冗余格式的相异度数组。

to_data_frame \()

创建 pandas.DataFrame 从这个开始 DissimilarityMatrix 。

to_series \()

创建 pandas.Series 从这个开始 DistanceMatrix 。

transpose \()

返回相异矩阵的转置。

within \(ID)

获取ID集合中的所有距离

write(file[, format])

编写一个实例 DistanceMatrix 保存到文件中。