skbio.alignment.AlignmentStructure

class skbio.alignment.AlignmentStructure

包装对齐c结构的结果，以便Python可以访问它

备注

cigar 可能为空，具体取决于使用的参数。

target_begin 和 query_begin 可能是-1，具体取决于使用的参数。

开发者注意： read_sequence 是一个别名 query_sequence 按原样由ssw.c使用 reference_sequence 对于 target_sequence

属性

aligned_query_sequence	返回由雪茄对齐的查询序列
aligned_target_sequence	返回由雪茄对齐的目标序列
cigar	雪茄格式字符串，实现最佳对齐
optimal_alignment_score	最佳对准得分
query_begin	返回查询序列开始的字符索引
query_end	查询序列结束处的字符索引
query_sequence	查询序列
suboptimal_alignment_score	次优对准得分
target_begin	目标字符对齐的起始位置
target_end_optimal	目标最佳对齐结束处的字符索引
target_end_suboptimal	目标次优对齐结束处的字符索引
target_sequence	目标序列

内嵌函数

__eq__(value, /)	返回self==值。
__ge__(value, /)	返回self>=值。
__getitem__(key, /)	回归自我 [key] .
__getstate__ \()	泡菜的帮手。
__gt__(value, /)	返回self>值。
__hash__ \()	返回哈希（self）。
__le__(value, /)	返回self<=value。
__lt__(value, /)	返回self<value。
__ne__(value, /)	回归自我！=值。
__setstate__
__str__ \()	返回str（self）。

方法

is_zero_based \()	如果对齐从0开始，则返回True，否则返回False
set_zero_based(is_zero_based)	如果为True，则将对齐索引设置为从0开始；如果为False，则设置为1