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辽河干流分布着双台子河口、卧龙湖等重要湿地。双台子河口湿地是国家级自然保护区， 也是海蜇和中华绒螯蟹国家级水产种质资源保护区，生态系统服务功能十分重要。
辽河三角洲湿地主要分布于辽东湾北岸，集中于大凌河与双台子河之间， 以芦苇沼泽和水稻田为主，湿地总面积为314857hm2。 该湿地地处海陆交界带、淡咸水交汇区，地势低平，易发生洪涝，河道变化频繁， 人类生产活动活跃。尤其自20世纪80年代以来，该区受到经济发展的强烈冲击， 湿地面积和结构都发生了巨大的变化，表现趋势为自然湿地面积逐渐减少、人工湿地面积逐渐增加。
种植农业开发对湿地的影响。随着种稻时间的延长，地下水矿化度从表层逐渐淡化， 土壤盐分组成也从C1型逐渐变成C1-S04-HC03型； 因稻田施用有机肥、化肥或有机肥与化肥配合的方法和数量的不同，导致耕层土壤养分含量变化各异。
油气开发在湿地范围内的占地面积逐年增长，2007年比1986年增加1.3倍。 湿地面积减少50%,生物种类减少25%;由于石油开发排污的影响，潮上带动物、 潮间带动物和河口湾动物数量减少、生产力降低，鸟类的数量也急剧减少。
目前仅在保护区范围内修筑的虾塘、鱼池、河蟹孵化厂等的面积就已超过1333.3hm2， 日排放化学需氧量10t，氨氮0.8t。少部分岸段由于虾田过于集中， 排放的污染物超出海域的稀释自净能力，严重影响了周围水域环境。