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明代废路置府，作为主要的统县政区，其下或辖州或辖县，或二者并辖。 明代的州有两种:一直隶于布政司，为直隶州;一隶于府，为属州。 绝大部分直隶州与属州都辖县，少数不辖县。故明代的州应视为统县政区。 《明史》说“属州视县，直隶州视府”， 无论从领县的角度看还是从官阶的角度看都不大符合事实。元代的州或有附郭县或无， 明代的州自洪武年间起即一律省去附郭县。
府之长官为知府，正四品。“知府掌一府之政，宣风化，平狱讼，均赋役， 以教养百姓。每三岁，察属吏之贤否，上下其考，以达于省，上吏部”。 宣德三年以后，两京13布司中共置府159。明前期，知府多久其任， 甚至有一任至一二十年者，这比较有利于统治稳定，也有利于创良好治绩 。知府下属有同知,是知府的副贰，俗称司马，正五品;通判，俗称别驾， 正六品;推官，俗称司理或司李，正七品。同知和通判分管一府的钱粮、清军、 治农、水利、屯田等事，无定员。推官一人理刑名。明中后期 ，知府及其属员调动频繁，杂流并进，清廉者少。
直隶州与属州之长官为知州，掌一州之政，均为从五品。明中期共有直隶州与属州234。 知州属官有同知，从六品；判官，从七品。皆无定员。或有判官而无同知，或二者皆无。
知县正七品，主持全县一切政务。其副贰为县丞，正八品;主簿，正九品。 分掌一县粮马之事。又有典史，为未人流官，掌文移出纳。无县丞时， 典史可代行县丞之政。明中期设县1172。县级佐官还有司狱、驿丞、仓官、巡检等。 巡检为从九品，下设弓兵，职在治安。