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长江中下游湖泊面积为14073km2，约占全流域湖泊面积的93%;面积超过100km2的湖泊有鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、华阳河水系湖泊、洪湖、梁子湖、石臼湖、南港湖、西凉湖、长湖、武昌湖、菜子湖13个湖泊（表1)，成为中国最重要的淡水湖区。
表1 长江中下游主要湖泊概况
湖泊名称 | 平均海拔/m | 面积/km2 | 平均水深/m | 储水量/亿m3 | 所处省份 | 湖泊洼地成因类型 |
鄱阳湖 | 14.01 | 3750 | 6.5 | 259 | 江西 | TE |
洞庭湖 | 24.3 | 2691 | 6.5 | 178 | 湖南 | T |
太湖 | 3.00〜3.12 | 2338.1 | 1.89 | 44.3 | 江苏 | ET |
巢湖 | 8.15 | 770 | 2.4 | 18.0 | 安徽 | BET |
洪湖 | 25.0 | 402 | 1.9 | 7.5 | 湖北 | Br |
梁子湖 | 17.2 | 256 | 2.5 | 6.5 | 湖北 | Bl/E/T |
龙感湖 | 12.0 | 243 | 1.7 | 4.1 | 安徽 | Bl/E/T |
大官湖（黄湖） | 12.0 | 217 | 2.2 | 4.8 | 安徽 | Bl/E/T |
泊湖 | 12.0 | 178 | 2.5 | 4.4 | 安徽 | Bl/E/T |
菜子湖 | 12.0 | 165 | 1.5 | 2.5 | 安徽 | B/E/T |
大通湖 | — | 159 | 1.6 | 2.5 | 湖南 | Bp//T |
长湖 | 30.5 | 122.5 | 2.5 | 2.7 | 湖北 | Bf/E |
斧头湖 | 19.2 | 128 | 1.6 | 2.0 | 湖北 | Bl/E/T |
武昌湖 | 12.0 | 125 | 3.4 | 4.3 | 安徽 | Bl/E/T |
西凉湖 | 19.5 | 66.7 | 1.6 | 1.1 | 湖北 | Bl/E/T |
大冶湖 | 17.0 | 64.8 | 1.8 | 1.2 | 湖北 | B/E/T |
黄盖湖 | 22.0 | 60.6 |
|
| 湖北 | Bl/E/T |
长江中下游湖泊主要是在构造断陷的基础上，由河流或河海冲淤或河流泥沙淤塞古河道而形成，这些湖泊大多数与长江相通，湖水位随长江水位高低而涨落。但因长江泥沙大量入湖沉积和长期人工围垦，湖泊面积不断缩小，调蓄洪水的能力普遍降低，有些湖泊甚至完全消失。据统计，1949年中下游湖区湖泊面积共有25828km2,到1977年仅余14073km2,减少了45.5%。被誉为“千湖之省”的湖北，1949年江汉平原上有湖泊609个，面积达4707km2，目前仅余湖泊300个左右，面积仅2050km2,减少了一半以上。
长江中下游湖泊急剧减少深受自然环境变化和人类活动影响。就自然原因而言，湖岸堆积物增多、江河泥沙大量入湖、水生生物和漂浮植物大量繁殖，都会使湖泊缩小、变浅，最终成为沼泽。但这一演变过程比较缓慢。在长江中下游湖区，人为影响主要有两种情况：一是以防洪为主的有计划实施的蓄洪垦殖工程。另一是围湖造田。