你在ArcGIS中加入的第一个数据集决定了你使用的坐标系统。当再次添加其他数据集时，ArcGIS将会对其进行在初始坐标系统上的重投影。一个“未知的空间参考系”代表存在数据冲突。在这种情况下，“未知单位”将会在ArcMap的右下角显示，这时，应该使用定义投影工具对其进行修正。
QGIS支持2700多种已知的坐标参考系统。它允许你方便地定义全球和工程范围的坐标参考系统。它同样允许你定义自定义参考系。
QGIS和ArcGIS都对非常友好地对坐标系统进行了处理，虽然过去的QGIS在对.prj的支持上有点小问题。