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现有的商用GIS系统一般具有强大的空间数据管理、制图、査询和空间分析功能， 但缺乏或根本没有对知识的表达、获取和应用的方法和机制，知识的获取依然是一个瓶颈问题。
由于地学问题的复杂性，无法用确切的模型进行模拟和预测， 只能根据一些规则或知识进行推理，而这些是GIS现有技术无法直接实现的。 分析功能的不足，一直是制约GIS广泛应用的“瓶颈”。 在辅助空间决策方面，地理信息系统为决策支持提供了强大的数据输入、存储、检索、显示的工具， 但是在分析、模拟和推理方面的功能比较弱。 它本质上是一个数据丰富但理论贫乏的系统， 在解决复杂空间决策问题上缺乏智能推理功能， 而空间数据挖掘技术可解决这个问题。 所以，为了解决复杂的空间决策问题，需要在地理信息系统的基础上开发空间数据挖掘系统。
如果在GIS系统中引入了空间数据挖掘与知识发现机制， 就有可能自动或半自动地从大量的空间数据中发现一些隐含的特定知识或普遍知识， 解决GIS的知识获取、表现、推理等知识工程技术问题，从而解决GIS的智能化问题和空间决策支持问题。