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长江流域1956〜2000年平均水资源总量为9958亿m3，占全国水资源总量的35%，其中地表水资源量为9856亿m3，占全国地表水资源量的36%，居全国十大区地表水资源量之首。1998年长江发生了20世纪第一位大洪水，该年长江流域水资源量为13004亿m3,占全国地表水资源量32726亿m3的40%。相应径流深为552.9mm，径流深次于东南诸河、珠江和西南诸河，居第四位。长江流域多年平均年地下水资源量为2492亿m3,占全国地下水资源量的30.3%。其中，山丘区年均地下水资源量为2255.8亿m3,占长江流域地下水资源量的90.5%;平原区年均地下水资源量为247.6亿m3,扣除平原区与山丘区之间的重复计算量年均11.4亿m3后，占长江流域地下水资源量的9.5%。地下水资源量与地表水资源量的不重复计算水量约102.3亿mS占水资源总量的1%。
从最新的数据看，2010年长江流域是多水年，水资源总量为11265.7亿m3,其中地表水资源量为11147.7亿m3，地下水资源量为2619.1亿m3，地下水与地表水资源不重复量为1180亿m3(表1)。
表17.82010年长江流域水资源分区水资源置（亿m3)
水资源分区 | 降水总量 | 地表水资源量 | 地下水资源量 | 地下水资源与地表水资源不重复量 | 分区水资源总量 |
长江流域 | 20689.22 | 11147.70 | 2619.11 | 117.98 | 11265.68 |
金沙江石鼓以上 | 1120.33 | 441.61 | 162.89 | 0.00 | 441.61 |
金沙江石鼓以下 | 2150.33 | 1043.41 | 288.02 | 0.00 | 1043.41 |
峨沱江 | 1694.78 | 1045.44 | 271.46 | 1.56 | 1047.00 |
嘉陵江 | 1497.75 | 744.51 | 135.82 | 0.26 | 744.77 |
乌江 | 935.88 | 491.48 | 132.82 | 0.00 | 491.48 |
宜宾至宜昌 | 1011.39 | 513.37 | 122.86 | 0.00 | 513.37 |
洞庭湖水系 | 4150.45 | 2303.13 | 516.25 | 9.17 | 2312.30 |
汉江 | 1584.75 | 745.79 | 184.62 | 25.33 | 771.12 |
鄱阳湖水系 | 3409.87 | 2212.89 | 476.80 | 20.31 | 2233.20 |
宜昌至湖口 | 1376.50 | 757.77 | 160.60 | 16.40 | 774.17 |
湖口以下干流 | 1303.43 | 659.53 | 120.24 | 22.27 | 681.80 |
太湖水系 | 453.76 | 188.77 | 46.73 | 22.68 | 211.45 |
长江流域2000年评价的水功能一级区1299个，全年期达标水功能区1031个，占总功能区数的79.4%。二级水功能区1183个，全部进行评价，达标水功能区635个，占总功能区数的53.7%。长江流域全年期一、二级水功能区按个数统计，达标率为67.1%。影响水功能区功能的主要原因是有机污染物超标，氨氮、COD、高锰酸盐指数、溶解氧和挥发酚是造成水功能区不达标的主要超标项目。汞、铅、镉、砷和六价铬等重金属是影响水功能区达标的次要水质参数。