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珠江口的咸潮问题主要是指针对农业生产的咸害，在20世纪60年代已有报道（黄新华等，1962)。一般而言，珠三角地区3〜4月为春耕播种期，10〜11月为晚稻抽穗扬花期，若春雨来迟或秋雨稀少，即易引起严重影响农业生产的咸害问题。12月至次年3月咸潮虽然较大，因耕地冬闲，咸害远没有春秋季节大。咸害的主要影响因素为潮汐、河口地貌、风、土壤植被以及堵海联围等人类活动。
1967年是20世纪60〜70年代平均氯离子浓度（简称氯度）最大的一年，各口门相应的最大浓度及日期见表1。咸潮上溯最远的是虎门和崖门。以一日两次高潮水面下2m处氯度>2沁作为受咸日，崖门的长乐平均每年74天，虎门的洲仔围173天，黄埔港24天。1990年之前，虎门、磨刀门、鸡啼门、崖门月均涨憩盐度和年均盐度都呈下降趋势。
表1 珠江三角洲分流水道氮度特征值（％)
水道 | 站 | 涨憩氯度 | 落憩氯度 | ||
最大（日期） | 平均 | 最大（日期） | 平均 | ||
虎门 | 黄埔 | 5.23(1967.2.25) | 0.43 | 3.82(1972.2.25) | 0.25 |
蕉门 | 南沙 | 10.87(1963.1.27) | 0.95 | 5.41(1967.1.7) | 0.33 |
洪奇沥 | 万顷沙西 | 5.84(1959.1.20) | 0.3 | 3.81(1967.1.9) | 0.15 |
横门 | 横门 | 7.42(1960.3.14) | 0.14 | 1.95(1960.3.14) | 0.01 |
磨刀门 | 灯笼山 | 9.65(1965.2.25) | 0.44 | 6.42(1967.1.18) | 0.1 |
鸡啼门 | 黄金 | 18.93(1966.8.7) | 2.8 | 7.68(1970.11.23) | 0.7 |
虎跳门 | 西炮台 | 8.68(1967.1.24) | 1.24 | 4.53(196C.12.1) | 0.15 |
崖门 | 黄冲 | 8.23(1964.1.11) | 0.95 | 5.42(1967.1.24) | 0.39 |
近十多年来，该地区的咸潮出现越来越频繁、持续时间增加、上溯范围越来越广。1992〜1993年、1998〜1999年、2001〜2002年、2003〜2004年、2004〜2005年和2005〜2006年均发生较严重的咸潮。不仅影响农业，而且严重影响广州、中山、珠海、澳门城市的正常供水。2003〜2004年枯水期的咸潮使区域内的500万人的生活用水和一大批工业企业生产用水受到影响。2004〜2005年和2005〜2006年两个年度，由于咸潮严重，影响到珠海、澳门、中山的生活供水而不得不从上游应急调水压咸补淡。
在泥沙淤积条件下，“三界”一般随三角洲及河口淤积而逐步向海推移。近十多年来，“三界”在枯水季节实际上是向陆“反向”发展，咸潮活动范围比以前上推了约15〜20km。