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目前我国地理信息知识产权保护还存在诸多问题和漏洞。
1.政策法规过于笼统
政策法律是市场主体的行为规则，是市场竞争的底线。目前， 虽然地理信息知识产权保护已在相关法律法规有了明确的规定， 如《中华人民共和国测绘成果管理条例》第二十条规定：“测绘成果涉及著作权保护和管理的， 依照有关法律、行政法规的规定执行。”《中华人民共和国地图编制出版管理条例》 第二十二条和第二十七条分别规定：“地图的著作权受法律保护，未经地图著作权人许可， 任何单位和个人不得以复制、发行、改编、翻译、编辑等方式使用其地图；但是，著作权法律、 行政法规另有规定的除外”，“侵犯地图著作权的，依照著作权法律、行政法规的规定处理”。 但是，这些法律法规并没有针对地理信息知识产权做出针对性的保护性规定。
2.产权保护政策中产权范围界定不明确
理清地理信息知识产权保护范围是保护政策制定的基础和先导，没有明确的范围界定， 就无法形成切实可行的政策。一直以来，人们比较关注地理信息相关的著作权， 忽视了其他方面的知识产权。随着现代技术与需求的快速发展， 地理信息从单一的测绘向信息多元化的层面拓展，进而测绘地理信息知识产权已涵盖专利、 商标、著作权、地理标志、外观设计、商业秘密、域名等方面， 对类似方面的地理信息知识产权保护范围界定不明确，存在相当程度的空白。 这直接影响到对地理信息知识产权的保护主体、对象、范围、特征、 保护原则和方法等认识不足，影响了地理信息安全的主管部门在知识产权保护方面制定政策和执行监管的困难。
3.从业主体对地理信息知识产权保护缺乏足够的重视
目前，我国有12000多家申领测绘资质证书的地理信息从业主体或单位，事业、 国有或国有控股、私营企业约各占三分之一。 由于很多从事地理信息的单位有国家财政资金补助或拥有固定或稳定的带有垄断性质的业务渠道， 所以在市场竞争中处于优势地位，因此对知识产权保护较为忽视，表现为投入研发自主知识产权的资金少， 专利、商标、著作权申请登记量小。很多个体、私营企业在这方面相对较弱，它们针对人才弓丨进相对困难， 没有固定或垄断的业务来源的情况，确立依靠提供优质的服务和独到的精细专业技术才得市场。 在激烈的市场竞争环境下，它们常常会主动投入相当的资金研发符合市场需求的自主知识产权的产品， 并能及时申请专利、注册商标、登记著作权。但是，因对知识产权的功能和效力认识不到位等， 很多地理信息从业企事业单位不愿申请专利、注册商标和进行著作权登记。 据全球定位系统技术应用协会中对其约200家理事成员单位的专利申请、 商标注册申请及软件著作权登记情况调查，发现近一半的成员单位从未申请过专利、 注册商标和进行著作权登记，这说明作为市场竞争有效法则的知识产权尚未得到地理信息产业单位应有的重视。
4.地理信息知识产权保护侵权行为的行政救济不足
知识产权方面的民事权利争端出现后，目前一般通过民间调解协商、司法裁判的途径来解决。 民间调解协商需要通过仲裁机构或调解机关，经当事双方同意，才能达成一致， 这要求民众拥有较强的法制意识和素养。但是，目前在测绘地理信息行业知识产权纠纷中， 依照著作权法律、行政法规的规定处理、协商解决成功的案例不多。 所以对于地理信息知识产权侵权的行为必须从行政监管和司法处罚的角度来进行控制。 行政监管和司法处罚都必须以国家强制力为保障，才能保证其执行力不受影响。 由于司法惩罚费时费力，所以不到情节严重或违法犯罪的程度，几乎不会使用， 所以这就需要有完整健全的行政救济机制来实现地理信息知识产权的有效保护。 长期以来，饱受侵权盗版困扰的企事业单位希望行政部门， 特别是测绘地理信息主管部门在市场监管、行政执法方面加大对知识产权的保护力度。 由于制度缺失、措施乏力、监管力量薄弱，在强调依法行政的今天，有关行政部门面临监管力不从心的窘境。