全市境内共有雨量站8个，分别为嵊泗、衢山、岱山、大沙、长春岭、定海、金塘、沈家门、六横，至2009年，分别有30〜67年的观测记录。观测期内，嵊泗站多年平均降水量最小，为1110.0mm;长春岭站最大，为1627.9mm。除长春岭站位于降水量高值区外，其余各测站降水量小于大陆沿海地区，且越远离大陆的地区降水量越小。
舟山群岛降水量的年内分布不均，3月、6月、9月均为降水峰值期，分别对应着春雨、梅雨和台风雨。根据1956〜2000年统计系列，全市多年平均降水量1275.2mm，地区分布在1038.1〜1553.1mm之间，舟山本岛最大，岱山次之，嵊泗最少)。历史上年最大降水量1648.5mm(1977年），最小降水量632.6mm(1967年），年雨日91〜170天。多年平均降水总量16.03亿m3。
1956〜2000年，全市域内多年平均水面蒸发量800mm左右，陆面蒸发量670.8〜774.4mm，衢山岛最大，舟山本岛最小。夏季蒸发量最大，约占全年的34%〜36%，冬季约占14%〜16%。与浙江沿海地区相比，舟山群岛蒸发量偏大。
舟山市与大陆分离，无过境客水，水资源全靠降水补给。岛屿分散造成地面径流差异大，水系很不发达，河流小而且源短，多为季节性间歇河流。现有大小河道954条，总长757.6km，全部为独流入海小河流。全市河川径流量6.92亿m3,产水系数为0.43。舟山群岛多年平均径流深550mm，远小于邻近沿海地区，且越偏远的小岛径流深越低（图2)。各县市降水与产水统计情况如表1所示。
表1舟山市各县区降水、产水情况表
<table width="68%" height="411" border="1" cellpadding="0" cellspacing="0"> <tr > <td width="10%" valign="center" ><p align="center" >行政区 </p></td> <td width="10%" valign="center" ><p align="center" >计算面积 <br /> ./km2 </p></td> <td width="11%" valign="center" ><p align="center" >降水量 <br /> /mm </p></td> <td width="16%" valign="center" ><p align="center" >降水总量/亿m3 </p></td> <td width="17%" valign="center" ><p align="center" >河川径流量/亿m3</p></td> <td width="18%" valign="center" ><p align="center" >产水 <br /> 系数 </p></td> <td width="18%" valign="bottom" ><p align="center" >产水模数 <br /> /[万m3/(km2•a)] </p></td> </tr> <tr > <td valign="center" ><p align="center" >定海区 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >531.1 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >1360 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >7.22 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >3.36 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >0.46 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >63.2 </p></td> </tr> <tr > <td valign="center" ><p align="center" >普陀区 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >388.8 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >1279 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >4.97 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >2.18 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >0.44 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >56.1 </p></td> </tr> <tr > <td valign="center" ><p align="center" >岱山县 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >269.1 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >1163 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >3.13 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >1.18 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >0.38 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >43.9 </p></td> </tr> <tr > <td valign="center" ><p align="center" >嵊泗县 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >67.9 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >1038 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >0.71 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >0.20 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >0.28 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >29.2 </p></td> </tr> <tr > <td valign="center" ><p align="center" >合计 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >1256.9 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >1275 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >16.03 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >6.92 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >0.43 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >55.0 </p></td> </tr> </table>
舟山群岛地处亚热带海洋性季风气候南北交汇处，特殊的气候和地理位置因素，导致台风、干旱、暴雨等水旱灾害比较频繁且交替发生。由于降水年内分配不均，降水过程和需水过程不匹配，容易导致边远岛屿干旱缺水。据统计，
1951〜2009年全市共出现不同程度的干旱45次，平均每1.2年发生一次干旱。影响舟山的台风年平均有4.3次，最多时达8〜9次。台风和暴雨发生的时间、地点和严重程度难以预测，导致洪涝灾害具有突发性。台风期间的强降水与随之而来的高温干旱导致经常出现旱涝灾害急转的现象。