雅鲁藏布江干支流河水矿化度大部分在100〜200mg/L，低值区在尼洋曲中下游段。雅鲁藏布江干流的溶解氧浓度呈渐变趋势。中游上段由于海拔较高，地广人稀，人为影响小，溶解氧浓度略大；中段城镇化水平较髙，受人类活动影响溶解氧浓度逐渐减小；到中游下段至下游，随着海拔的降低，森林覆盖率较高，水中溶解氧含量逐步增大(表1)。
表1 雅鲁藏布江部分评价项目监测值统计表
<table width="100%" height="193" border="1" cellpadding="0" cellspacing="0"> <tr> <td rowspan="2" align="center" valign="middle"><div align="center">河流名称</div></td> <td rowspan="2" align="center" valign="middle"><div align="center">地级行政区</div></td> <td rowspan="2" align="center" valign="middle"><div align="center">站名</div></td> <td colspan="6" align="center" valign="middle"><p align="center" >评价项目平均浓度/(mg/L)</p></td> </tr> <tr> <td align="center" valign="middle"><div align="center">溶解氧</div></td> <td width="127" align="center" valign="middle"><div align="center">钙锰酸盐指数</div></td> <td width="139" align="center" valign="middle"><div align="center">氨氮</div></td> <td width="133" align="center" valign="middle" ><p align="center" >砷 </p></td> <td width="106" align="center" valign="middle" ><p align="center" >铅 </p></td> <td width="100" align="center" valign="middle" ><p align="center" >镉 </p></td> </tr> <tr> <td width="154" align="center" valign="middle" ><p align="center" >多雄藏布 </p></td> <td width="156" align="center" valign="middle" ><p align="center" >曰喀则 </p></td> <td width="125" align="center" valign="middle" ><p align="center" >达居 </p></td> <td width="123" align="center" valign="middle" ><p align="center" >8.8 </p></td> <td align="center" valign="middle"><div align="center"></div></td> <td align="center" valign="middle"><div align="center"></div></td> <td width="133" align="center" valign="middle" ><p align="center" >0.008 </p></td> <td width="106" align="center" valign="middle" ><p align="center" >0.0109 </p></td> <td width="100" align="center" valign="middle" ><p align="center" >0.0022 </p></td> </tr> <tr> <td width="154" align="center" valign="middle" ><p align="center" >尼木玛曲 </p></td> <td width="156" align="center" valign="middle" ><p align="center" >拉萨 </p></td> <td width="125" align="center" valign="middle" ><p align="center" >尼木玛曲 </p></td> <td width="123" align="center" valign="middle" ><p align="center" >7.8 </p></td> <td align="center" valign="middle"><div align="center"></div></td> <td align="center" valign="middle"><div align="center"></div></td> <td width="133" align="center" valign="middle" ><p align="center" >0.050 </p></td> <td width="106" align="center" valign="middle" ><p align="center" >0.0127 </p></td> <td width="100" align="center" valign="middle" ><p align="center" >0.0015 </p></td> </tr> <tr> <td width="154" align="center" valign="middle" ><p align="center" >易贡藏布 </p></td> <td width="156" align="center" valign="middle" ><p align="center" >林芝 </p></td> <td width="125" align="center" valign="middle" ><p align="center" >通麦（塘麦） </p></td> <td width="123" align="center" valign="middle" ><p align="center" >10.5 </p></td> <td align="center" valign="middle"><div align="center"></div></td> <td align="center" valign="middle"><div align="center"></div></td> <td width="133" align="center" valign="middle" ><p align="center" >0.007 </p></td> <td width="106" align="center" valign="middle" ><p align="center" >0.0222 </p></td> <td width="100" align="center" valign="middle" ><p align="center" >0.0032 </p></td> </tr> </table>
在雅鲁藏布江干流中游上段（拉孜以上），水体中氨氮主要来源于面源冲刷，含量较小；到中游段（奴各沙以上）后，由于受支流年楚河汇人的影响，氨氮含量有一定程度的增大趋势，主要原因是年楚河流域及雅鲁藏布江干流两侧耕地面积大，化肥施用量较大，且人口较为集中。奴各沙至甘巴河段由于河流进人峡谷地段，水流湍急，中间人类活动影响小，且有支流汇人，水量增大，水体自净功能增强，氨氮含量略有减小；甘巴至曲水河段由于受羊卓雍错电站尾水排放的影响，河段不长（仅7km)，氨氮稍有增大。曲水至羊村河段由于受沿江城镇的影响，氨氮含量略有增大。羊村以下至奴下段，随着海拔的降低，森林覆盖率较高，面源冲刷较小，人类活动亦较小，水中氨氮含量逐渐减小。
雅鲁藏布江干流全年、汛期水质均达地表水环境质量I类标准，非汛期有两个评价河段达地表水环境质量n类标准，个別河段达地表水环境质量为in类标准的原因主要是由于面源冲刷，河流含沙量较大，重金属离子含量偏髙，其主要影响离子为铅，若不考虑铅的影响，则其余各项目评价成果基本达地表水环境质量的I〜n类标准。