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黑龙江茅兰沟国家级自然保护区位于黑龙江省东北部，小兴安岭北麓，嘉荫县向阳乡辖区，距县城76公里。西南与乌伊岭前卫农场相接，北与乌云镇连接壤，东临黑龙江。
黑龙江茅兰沟国家级自然保护区是以印支期花岗岩构造峰林地貌和第四纪冰缘地貌、新构造崩塌地貌为代表的地质地貌综合体，也是印支期花岗岩形成构造峡谷地质遗迹的典型代表。
黑龙江茅兰沟国家级自然保护区冬季漫长、干燥、严寒；夏季温和多雨；早春低温多雨雪易涝，暮春少雨易干旱；秋季降温迅速，常有冻害发生。
黑龙江茅兰沟国家级自然保护区主要河流为茅兰沟河，在区内长16.2公里，发源于黑龙江茅兰沟国家级自然保护区西部小兴安岭山脉的五子棋大岗，呈西南-东北向延伸流入黑龙江。受地势影响，形成跌水而发育成众多瀑布和深潭。