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西北内陆河区主要湖泊有新疆境内的博斯腾湖（面积1100km2)、乌伦古湖（面积895km2)、阿其克库勒湖（面积352km2)、玛纳斯湖（面积100km2)、喀纳斯湖（面积44.87km2)、艾丁湖（面积3〜5km2)，内蒙古境内的呼伦湖（面积2339km2)、乌梁素海（面积300km2)，青海境内的青海湖（面积4456km2)(表1)，这些湖泊通常属于河流尾闾湖。河流尾闾湖因主要分布在盆地中心、河流尾闾部位，受强烈蒸发影响，湖水矿化度高，多为咸水湖，且干旱区的多数湖泊已萎缩干涸。目前，部分河流下游重要的湖泊在人为调人生态用水后得以恢复，如塔里木河下游的台特马湖(湖泊面积280km2)、石羊河下游的青土湖（湖泊面积3km2)、黑河下游的东居延海(湖泊面积38km2)。
表1 西北内陆河区主要湖泊概况（藏北高寒区除外)
| 名称 | 位置 | 面积/km2 | 类型 | 矿化度/(g/L) | 储水量/亿m |
| 博斯腾湖 | 新疆焉耆盆地的东南部 | 1100 | 淡水湖 | 1.3 | 99 |
| 乌伦古湖 | 新疆阿勒泰地区福海县 | 895 | 咸水湖 | 2.7 | 6〜8 |
| 赛里木湖 | 新疆博尔塔拉蒙古自治州博乐市 | 455 | 咸水湖 | 3 | 210 |
| .阿其克库勒湖 | 阿尔金山西部 | 352 | 咸水湖 | 81.6 | 3.44 |
| 玛纳斯湖 | 中准噶尔盆地西部 | 100 | 咸水湖 | — | — |
| 喀纳斯湖 | 新疆阿尔泰地区的布尔津县 | 44.87 | 淡水湖 | < 1 | 53.8 |
| 巴里坤湖 | 新疆巴里坤县 | 113 | 盐湖 | — | — |
| 艾丁湖 | 新疆吐鲁番盆地南部 | 3〜5 | 盐湖 | 210 | — |
| 呼伦湖 | 内蒙古呼伦贝尔 | 2339 | 淡水湖 | 1.6 | 138.5 |
| 乌梁素海 | 内蒙古巴彦淖尔盟乌拉特前旗 | 300 | 咸水湖 | 6 | 2.6 |
| 青海湖 | 青藏高原东北部 | 4456 | 咸水湖 | 12.32 | 1050 |
| 台特马湖 | 新疆塔里木盆地东南部 | 280 | 咸水湖 | — | 2 |
| 东居延海 | 内蒙古自治区额济纳旗 | 38 | 咸水湖 | 10 | — |
| 青土湖 | 甘肃民勤 | 3 | 咸水湖 | — | — |