水质污染已成为东北地区最严重的水环境问题。 由于历史形成的以重化工为主的工业结构和城市环保基础设施薄弱等原因， 区域污染物排放总量远超过环境自净能力， 使松花江和部分湖泊、水库受到严重污染，水生生态系统遭遇破坏。
松花江河流水质污染总体比较严重。据2005年松花江流域内72个监测断面的10724km长河段的水质分析， 综合评价为I〜HI类的河长达标率，全年为45.4%，其中汛期为35.8%， 非汛期为55.0%;综合评价水质为W类占22.99%,V类占16.26%,劣V类占15.36%。 2010年松花江水系总体为轻度污染。42个国控监测断面中， I〜ID类、]Y类、V类和劣V类水质的断面比例分别为47.6%、35.7%、4.8%和11.9%。 主要污染指标为高锰酸盐指数、氨氮和五日生化需氧量。
松花江干流总体为轻度污染,主要污染指标为高锰酸盐指数、氨氮和石油类。 与上年相比，水质无明显变化。松花江支流总体为中度污染。 主要污染指标为高锰酸盐指数、五日生化需氧量和氨氮。与上年相比，水质有所好转。
5个省界断面中，n类水质断面2个、m类水质断面2个、iv类水质断面1个。
湖泊与水库的富营养化也日趋严重。据2000年松花江区的111个水库水质评价分析报告， 全年、汛期和非汛期均以IV类水质的库容比例最高（表1)。 2000年查干湖总面积400km<sup>2</sup>,在全年期、汛期和非汛期水质基本一致， 全部为劣V类，总氮和总磷严重超标，整体呈富营养化。 2005年对松花江流域的8座水库进行全年期评价，嫩江的音河水库、 松花江干流的龙凤山水库水质较好，为II[类水质；松花江干流的东方红水库为V类水质； 松花江干流的香磨山水库、第二松花江的白山水库、丰满水库、海龙水库、 石头口门水库为IV类水质。主要超标项目为高锰酸盐指数、化学耗氧量、总磷和总氮。
表1 2000年松花江区水库水质评价
<table width="100%" height="365" border="1" cellpadding="0" cellspacing="0"> <tr> <td rowspan="2"><p align="center" >流域分区</p></td> <td rowspan="2"><p align="center" >评价总库容</p></td> <td colspan="2"><p align="center" >IE类</p></td> <td colspan="2"><p align="center" >IV类</p></td> <td colspan="2"><p align="center" >V类</p></td> <td colspan="2"><p align="center" >劣V类</p></td> </tr> <tr> <td><p align="center" >库容</p></td> <td><p align="center" >比例<em>/%</em></p></td> <td><p align="center" >库容/亿m<sup>3</sup></p></td> <td><p align="center" >比例<em>/%</em></p></td> <td><div align="center">库容</div></td> <td><p align="center" >比例<em>/%</em></p></td> <td><div align="center">库容/亿m<sup>3</sup></div></td> <td><p align="center" >比例<em>/%</em></p></td> </tr> <tr > <td valign="center" ><p align="center" >全年 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >146.23 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >0.77 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >0.53 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >99.78 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >68.23 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >33.82 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >23.13 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >11.86 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >8.11 </p></td> </tr> <tr > <td valign="center" ><p align="center" >汛期 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >152.07 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >5.72 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >3.76 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >101.12 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >66.50 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >8.58 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >5.64 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >36.65 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >24.10 </p></td> </tr> <tr > <td valign="center" ><p align="center" >非汛期 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >140.43 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >30.98 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >22.06 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >63.28 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >45.06 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >36.64 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >26.09 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >9.53 </p></td> <td valign="center" ><p align="center" >6.79 </p></td> </tr> </table>
2010年度评价的23座水库中，松花江的磨盘山水库和龙凤山水库为m类水质， 嫩江的尼尔基水库和音河水库、松花江的香磨山水库、第二松花江的白山水库、 丰满水库、海龙水库、新立城水库、亚吉水库、星星哨水库和红石水库为IV类水质， 松花江东方红水库和亮甲山水库、第二松花江的石头口门水库为V类水质， 嫩江的向海水库、第二松花江的太平池水库和寿山水库为劣V类水质。 主要超标项目为总氮、高锰酸盐指数和化学需氧量。