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根据《舟山市水资源调查评价》，全市多年平均水资源总量为6.92亿m3， 其中河川径流量6.92亿m3,地下水资源量为1.62亿m3(全部为重复计算量）。 全市人均水资源量仅707m3,不足全国平均水平的1/3。 根据各县区1956〜2000年水资源总量系列，各县不同保证率的水资源总量特征值见表1。
| 行政区 | 多年平均 | 20% | 50% | 75% | 90% | 95% |
| 定海区 | 3.36 | 4.33 | 3.20 | 2.46 | 1.89 | 1.60 |
| 普陀区 | 2.18 | 2.88 | 2.06 | 1.53 | 1.14 | 0.94 |
| 岱山县 | 1.18 | 1.65 | 1.07 | C.72 | 0.48 | 0.37 |
| 嵊泗县 | 0.20 | 0.30 | 0.16 | C.09 | 0.04 | 0.03 |
| 合计 | 6.92 | 9.16 | 6.50 | 4.79 | 3.55 | 2.95 |
舟山市水环境质量问题比较突出。2009年，舟山市对境内主要河流、水库设置了54个监测点， 其中45个水质在V类和劣V类，其余为W类水。主要超标指标是总氮和总磷， 影响总氮、总磷超标的因素是生活排污和自然腐殖物。 从检测结果来看，没有发现化学和金属方面的指标超标。 其中，舟山本岛水库总体水质在V类，岱山、嵊泗水库为劣V类；河道水质为V类或劣V类。