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1.GIS Plug-in与平台相关。对同一GIS数据，
不同的操作系统需要不同的GIS Plug-in。
不同的Web浏览器，也同样需要有相应的GIS Plug-in。
2.GIS Plug-in与GIS数据类型相关。
对于GIS用户而言，使用的GIS数据类型是多种多样的，
如ArcInfo，Map In，AtksGIS等GIS数据格式。
不同的GIS数据类型，需要有相应的GIS Plugin来支持。
3.需要事先安装。用户必须下载安装GIS Plug-in程序。
如果使用多种GIS数据类型，必须安装多个GIS Plug-in程序。
GIS Plug-in程序在客户机上的数童增多，管理相对复杂。
同时，GISPlug-in程序占用客户机磁盘空间。
4.更新困难。当GISPlug-in升级时，
需通知用户进行软件升级。升级时，需要重新下载安装。
5.使用已有GIS资源的操作分析能力弱，
处理大型GIS的能力有限。
基于Plug-in的网络地理信息系统有Autodesk的MapGuide，
这一系统利用位于客户端的MapGuide Server，
通过其特有的“地图窗口文件”(MWF)
实现基于矢量图形数据的各种操作和管理，
如动态发布与图层管理等。地图窗口文件MWF包含地图属性、
安全信息、地图图层属性、原始地图数据和用户接口标准等信息。
这种技术方法的特点是以通用的浏览器为载体或平台，
易于操作使用。同时它是嵌入式的插件，
自身所提供的强大的图形及数据库操作功能与浏览器功能相结合，
较好地解决了图形和属性数据的双向浏览、检索、査询，
以及统计分析等操作功能。美国Intergraph公司的
Web Map Server for GeoMedia(插件为ActiveCGM)
也是采用Plug-in插件技术方法实现的WebGIS系统软件，
这种方式建立系统的主要特点是速度快，客户端操作的是矢量地图数据。