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栅格数据结构的缺点主要表现在两个方面：
第一，栅格数据结构有固定的空间分辨率， 因此在对不同的栅格图层进行运算时必须将它们处理成统一的分辨率， 改变栅格图层分辨率的过程即是重采样（resampling）过程， 其结果往往是降低原图层的分辨率，从而损失了原有数据的一些信息。 另外，固定的分辨率也会导致栅格数据在处理不同地物之间的边界时容易产生错误， 解决的方法是使用更高分辨率的栅格数据，但又同时成倍增加了数据的数量和相应的计算时间。
第二，栅格数据结构只能记录一个属性信息， 无法同时实现对多变量属性数据的有效记录， 而解决的方法只能是增加栅格数据图层的数量。 栅格结构的数据也无法有效关联到数据库上， 对其中属性信息的査询、分选和管理效率很低。