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FMIS与GIS集成的关键是空间、 非空间数据组织和数据模型建立方面的技术问题。
空间、非空间数据对金融管理而言， 其数据是按行政区划组织的。 金融信息（数据）从总行到最低层次的营业网点， 各科目的项目对同一业务而言是相同的， 即数据文件格式也是相同的。 下层管理级向上一层次汇总数据时只是简单地累加或经简单地变换即可。 虽然金融数据类型很多，仅储蓄一项就有几十种之多， 但上下文件关系较为简单，易于操作。
空间数据按行政区划组织， 行政区划数据越详细，数据组织的难度越大。
1.行政区面积大小不等，有的区比较大。 行政区边界组成的多边形形状各异， 那些狭长多边形虽面积不大但矩形空间大， 还有一些行政区管辖的范围嵌套在其他区内。 这些现象虽然不直接影响详细度，但会造成较大的存储空间的浪费。
2.图形处理技术方面的问题。 同一个图形要素（线或面）由低层向高层综合时可能去掉或部分地保留。 去掉一个图形要素后剩余要素的完整化处理比较困难。 例如，双线表示的道路、河流， 综合到上一层次时仍表示为双线时，就会出现间断现象。 又如，去掉一个小多边形后，与四邻多边形边界的处理及 属性数据的修改都比较困难。再如曲线要素如果曲率半径很小， 且连续反向改变曲线走向时，向上层综合的处理起来也十分困难。