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通常，数据库是数据库系统的简称。一个完整的数据库系统应该包括数据库、 数据库管理系统(DBMS)和数据库应用系统三个组成部分。 其中，数据库是按照一定的结构组织在一起的相关数据的集合； 数据库管理系统是提供数据库建立、使用和管理工具的软件系统； 而数据库应用系统则是为了满足特定的用户数据处理需求而建立起来的， 具有数据库访问功能的应用软件，它提供给用户一个访问和操作特定数据库的用户界面。
同理，空间数据库系统也是由上述三个部分所组成。 其中空间数据库指的是GIS在计算机物理存储介质上存储的与应用相关的地理空间数据的总和， 一般是以一系列特定结构的文件的形式组织在存储介质之上的。 空间数据库管理系统则是指能够对物理介质上存储的地理空间数据进行语义和逻辑上的定义， 提供必需的空间数据査询检索和存取功能， 以及能够对空间数据进行有效的维护和更新的一套软件系统。 空间数据库管理系统的实现是建立在常规的数据库管理系统之上的。 它除了需要完成常规数据库管理系统所必备的功能之外， 还需要提供特定的针对空间数据的管理功能。 常常有两种空间数据库管理系统的实现方法， 一是直接对常规数据库管理系统进行功能扩展， 加入一定数童的空间数据存储与管理功能。运用这一种方法比较有代表性的是Oracle等系统； 另一种方法是在常规数据库管理系统之上添加一层空间数据库引擎， 以获得常规数据库管理系统功能之外的空间数据存储和管理的能力。 代表性的系统是ESRI的SDE(Spatial Database Engine)等。 由GIS的空间分析模型和应用模型所组成的软件可以看作是空间数据库系统的数据库应用系统， 通过它不但可以全面地管理空间数据，还可以运用空间数据进行分析与决策。
由此可见，空间数据库系统在整个GIS中占有极其重要的地位， 是GIS发挥作用的关键。空间数据库设计的成败， 直接影响到GIS开发与应用水平及成效。