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1.网络传输负担重。在GIS的服务器端和客户端空间数据 的传输只能是JPEG或GIF图像， 不能有效地进行空间数据的可视化操作和分析； 客户端不具有数据管理模块， 因此不能够实现现有状态的GIS空间数据传输协议； 若再次请求已经请求过的空间数据，要经过同样的数据传输过程， 多次数据传输之间没有联系，因而网络的传输负担较重。
2.运行速度过慢。 原因在于CGI根据浏览器的HTTP请求激活响应进程， 而每一个请求对应一个进程，当有多用户同时发出请求时， 创建进程的负载和大量并发执行的CGI程序所耗费的 潜在资源会造成系统运行速度下降，从而使系统效率降低。
3.数据处理在服务器端进行，容易造成服务器端负载过重。 市场上推出的WebGIS软件中，利用这一原理实现的软件主要有： 美国ESRI公司早期的WebGIS平台ArcView Internet Map Server (ArcView IMS)和MapObjects IMS，MapInfo早期的 Internet/Intranet解决方案MaplnfoProserver等。