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1.地理信息安全保密范围与保密等级难以科学界定
地理信息安全保密范围偏大、密级偏高， 地理信息安全保密范围与保密等级难以科学界定， 这样对地理信息的合理有效共享利用带来很大困难， 没有充分发挥地理信息的作用，实际上也影响了国家经济建设。
2.地理信息安全政策和法律缺少技术支撑
制定地理信息安全政策和法律的最终目的还是最大限度地发挥地理信息的效能， 扩大地理信息的共享，服务于国家和军队建设。 先进的技术可以为降低地理信息安全门檻创造条件。因此， 安全技术对于制定合理的地理信息安全政策和法律具有重要作用。 而目前地理信息安全主要考虑加密技术，对于精度降低、数字水印、 访问控制等考虑甚少，从而不可避免地导致安全保护过度，使用限制过度。
3.现行地理信息安全政策和法律针对性不强
现行地理信息安全政策和法律主要针对测绘产品， 而较少考虑到地理信息产品的特性。例如， 数字信息与模拟地图未能区别对待，网络地图信息缺少管理政策措施， 导航地图市场不规范，忽视地理信息软件安全，因此， 地理信息政策和法律针对性差，从而难以有效地保护地理信息的安全。
4.地理信息安全政策和法律策略研究不足
目前，对地理信息安全政策和法律系统研究不足， 缺少地理信息安全政策和法律的长远策略， 导致就事论事现象多，规划策略少， 影响了地理信息安全政策和法律的有效制定和发展。
5.地理信息安全政策机制不够到位
高精度地理信息是科技含量高、技术性强的信息资源， 国家和军事测绘主管部门的一些规定只规范到省级和行业内部。 而随着经济的发展，实施地理信息生产组织，己从完全是国家机关、 事业、企业单位，逐渐扩大到无上级主管部门的公司企业， 许多企业不知相关规定，无法按章执行。
6.地理信息安全法律法规建设滯后
现行地理信息安全政策和法律主要依据测绘领域相关的政策和法律， 而针对地理信息自身特点的政策和法律还很少， 距离完善的地理信息安全法律体系相距甚远。