6. 坐标模块

坐标模块包含读写轨迹的类。通常，MDAnalysis会识别 支持的坐标格式表 通过文件扩展名，因此大多数用户可能不需要关心这里描述的类和函数。但是，如果MDAnalysis无法识别坐标文件，则用户可以在关键字参数中提供格式 格式化 至 Universe 以强制格式化。

坐标格式

• 6.1. 轨迹读者和作者 MDAnalysis.coordinates
• 6.2. MDAnalysis中的CRD结构文件 MDAnalysis.coordinates.CRD
• 6.3. DCD轨迹I/O MDAnalysis.coordinates.DCD
• 6.4. DL_POLY格式阅读器 MDAnalysis.coordinates.DLPoly
• 6.5. DESRES文件格式-- MDAnalysis.coordinates.DMS
• 6.6. GamesS轨迹阅读器 MDAnalysis.coordinates.GMS
• 6.7. GSD轨迹阅读器 MDAnalysis.coordinates.GSD
• 6.8. GRO文件格式 MDAnalysis.coordinates.GRO
• 6.9. H5MD轨迹 MDAnalysis.coordinates.H5MD
• 6.10. MDAnalysis中的INPCRD结构文件 MDAnalysis.coordinates.INPCRD
• 6.11. LAMMPS DCD轨迹和数据I/O MDAnalysis.coordinates.LAMMPS
• 6.12. MMTF轨迹阅读器 MDAnalysis.coordinates.MMTF
• 6.13. MOL2文件格式 MDAnalysis.coordinates.MOL2
• 6.14. NAMDBIN文件格式-- MDAnalysis.coordinates.NAMDBIN
• 6.15. MDAnalysis中的PDB结构文件 MDAnalysis.coordinates.PDB
• 6.16. MDAnalysis中的PDBQT结构文件 MDAnalysis.coordinates.PDBQT
• 6.17. PQR文件格式 MDAnalysis.coordinates.PQR
• 6.18. TNG轨迹文件 MDAnalysis.coordinates.TNG
• 6.19. 琥珀色轨迹 MDAnalysis.coordinates.TRJ
• 6.20. TRR轨迹文件 MDAnalysis.coordinates.TRR
• 6.21. TRZ轨迹I/O MDAnalysis.coordinates.TRZ
• 6.22. TXYZ文件格式 MDAnalysis.coordinates.TXYZ
• 6.23. XTC轨迹文件 MDAnalysis.coordinates.XTC
• 6.24. XYZ轨迹阅读器 MDAnalysis.coordinates.XYZ
• 6.25. FHI-AIMS文件格式 MDAnalysis.coordinates.FHIAIMS
• 6.26. 从记忆中读取轨迹 MDAnalysis.coordinates.memory
• 6.27. 使用读取轨迹 化学文件 -- MDAnalysis.coordinates.chemfiles
• 6.28. 空输出 MDAnalysis.coordinates.null

协调核心模块

剩下的页面主要是开发人员感兴趣的。程序员和任何试图实现新功能的人都应该首先阅读 轨迹API 。

• 6.29. TimeStep类-- MDAnalysis.coordinates.timestep
• 6.30. 基类 MDAnalysis.coordinates.base
• 6.31. 坐标读数的常用函数 MDAnalysis.coordinates.core
• 6.32. 坐标阅读器的序列化
• 6.33. ChainReader MDAnalysis.coordinates.chain
• 6.34. 基于XDR的轨迹文件 MDAnalysis.coordinates.XDR

特别是，所有轨迹读取器都必须是 serializable 他们应该通过所有可在 MDAnalysisTests.coordinates.base.MultiframeReaderTest 或 MDAnalysisTests.coordinates.base.BaseReaderTest 。